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基于自動化樣品制備和質譜分析的內源性蛋白質表面萃取分析

干血斑蛋白質組學:
基于自動化樣品制備和質譜分析的內源性蛋白質表面萃取分析


干血斑作為一種樣品存在形式具有諸多優點,包括簡單安全的運輸和裝卸。到目前為止,干血斑的質譜分析主要集中于小分子或者血紅蛋白。但是,干血斑樣品中含有大量豐富的蛋白生物標記物,在這個領域一直被忽略掉。為了解決這個問題,本文采用非目標物的全面的蛋白質組學方法分析干血斑樣品。借助Advion Biosciences Triversa Nanomate機器人平臺,通過胰蛋白酶消解的樣品制備,本文提出了一種來自干血斑的表面內源性蛋白質的全自動化和完整的萃取方法。采用液相色譜串聯質譜分析一個酶消解后干血斑樣品,發現有120種蛋白質。被識別的蛋白質濃度跨越四個數量級。該方法被全面評估,根據蛋白質識別和潛在的用途(比如生物標記物篩查)實驗結果被詳細討論。

實驗部分:












結論:
1,本文建立了全自動表面萃取串聯液相色譜質譜(LESA-LC-MS/MS)分析DBS和酶解;
2,對于蛋白質組學分析而言,干血斑細胞是一種有效的樣品保存方式,每一次分析可以定性100多種蛋白質;分析濃度跨越4個數量級;在血漿中,蛋白質S100 A9 的濃度最低 (0.05~0.014µmol/L);很多蛋白質是各種疾病潛在的引物;
3,DBS取樣和酶解過程非常迅速、自動化、重現性好、需極少量溶劑、高通量。該機器人平臺操作簡單、不需要很強的專業性程序或者軟件、能與各大廠家質譜相連;
4,該方法能高通量定量和篩查分析,全自動的樣品前處理與LC-MS/MS串聯是一種強有力的分析手段。
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